Broen

13 måneder etter hendelsene i første sesong begynner den ferske samboeren Saga Norén å etterforske en tilsynelatende bevisst smittespredning. Martin, som er nyseparert og kjemper med fortiden, blir også koblet inn i saken.

Fire personer iført dyremasker tar på seg ansvaret for smitten ved å legge ut en film på nettet. Samtidig blir det slått alarm om at flere har dødd av å spise blant annet forgiftede epler. Saga og Martin skjønner at sakene henger sammen.

Saga og Martin får et anonymt tips om hvor miljøaktivistene holder til, men når de skal slå til, er gruppen som sunket i jorden. Miljøaktivistene håper på nye og større oppdrag, men det råder uenighet i gruppen.

Saga og Martin etterforsker mordene på miljøaktivistene og mistenker at lederen deres fortsatt lever. Sporene fører til en IT-bedrift i København, men han ser ut til å ha gått under jorden. Samtidig får Martin stadig bedre kontakt med Pernille.

Laura, et viktig vitne, våkner på sykehuset. Hun har mistet hukommelsen, men Saga tror hun kan ha sett noe da hun ble skutt. Samtidig gjennomfører fire personer iført dyremasker et nytt attentat og legger ut en film på nettet.

Martin våker over Nikolaj, som plutselig har blitt syk, og på sykehuset ser Saga tegn til at alt ikke er som det skal. Plutselig dukker det opp et nytt tilfelle av forgiftning, og en motorbåt med gamle beinrester blir hentet opp fra havets bunn.

Et bombeattentat mot en kjemisk fabrikk viser seg å være datastyrt, og avsenderen er den er samme som før. Saga og Martin finner en fellesnevner og klarer å sirkle inn området der gjerningsmannen befinner seg.

Saga og Martin avhører vitnene på nytt og mistenker at noen i deres egen gruppe har endret opplysninger i etterforskningen. Laura våkner og hjelper til med å lage et fantombilde av gjerningsmannen. Saga prøver å finne ut av samboertilværelsen.

Saga og Martin finner ut hvem gjerningsmannen er, og kjemper for å nå frem i tide, men faren er langt fra over. Ledetrådene peker mot Kastrup flyplass, og vennskapet mellom Saga og Martin blir satt på prøve.

Saga og Martin innser at det finnes nok en gjerningsmann, og må forhindre en katastrofe som kan medføre tap av mange menneskeliv. Martin tar en viktig avgjørelse, og Saga står overfor et valg som vil endre alt.