The X-Files

En overvåkningsvideo truer med å avspore Doggetts etterforskning av visedirektør Kersh, mens en vakker kvinne med evnen til å oppholde seg under vann infiltrerer FBI, og Mulder forsvinner.

Doggett forsøker å avdekke sannheten om en kvinne som på ett eller annet vis er koblet til vitenskapelige eksperimenter som blir utført på et skip fra andre verdenskrig.

Bevis i drapet på et ektepar peker på et satanistisk ritual, og to rømte mentalpasienter blir mistenkte. Scully begynner å undervise i rettsteknisk patologi på FBI-akademiet.

Nyheten om at Doggett har blitt skudd blir mer skremmende for Reyes fordi han er med henne da hun blir oppringt, men han forsvinner da hun har fått beskjeden.

Hodeskallen til en tenåring kollapser etter at han utfører et teit stunt. Men årsaken blir fastslått å være ... fluer, som tilsynelatende har spist ham opp innenfra.

Scully blir venn med et par som tror at spedbarnet deres har de samme utenomjordiske egenskapene som lille William, og en hemmelighetsfull agent overbeviser Scully om å kontakte Mulder og lokke ham frem fra skjulestedet hans.

Fragmenter av Doggetts fortid hjemsøker ham mens han leter etter spor om identiteten sin i Mexico, der han blir kjent med en lokalbeboer som driver med romvesensmugling.

Reyes må konfrontere sin verste frykt når hun etterforsker en ond syklus av sinne og drap som ser ut til å finne sted gjennom reinkarnasjon og knytte seg til hennes følelser og forutanelser.

Når en religiøs kult som opererer i Canada, avdekker et romskip som ligner det Scully oppdaget i Afrika, blir det iverksatt en plan om å drepe lille William.

Mens Scully desperat leter etter sønnen sin, forbereder religiøse kultmedlemmer seg på å entre et romskip som de tror huser en fysisk manifestasjon av Gud.